Nanegalito es una parroquia heredera de un pasado histórico muy rico a pesar de ser la parroquia más joven del noroccidente. Estudios recientes demuestran que esta zona se encontraba habitada por culturas prehispánicas formando parte de la cultura Yumbo, que alcanzó un gran desarrollo político, económico, tecnológico y social. Uno de los mayores logros arquitectónicos que deja ver su conocimiento astronómico es el Centro Ceremonial Tulipe.

Desde la Colonia, Nanegalito era el sitio de paso obligatorio entre Quito, Gualea, Pacto y Nanegal. En 1915 las tierras de Nanegal y Nanegalito no tenían mayor importancia a causa de la carencia de medios de transporte y comunicación. Desde 1890 empiezan a llegar los primeros colonos a la región.

En 1938 se crea la primera escuela fiscal, con el nombre de Túpac Yupanqui, ubicada en el actual barrio de Santa Elena, con establecimiento propio y 17 alumnos. En 1952 se organizó el primer comité pro mejoras; resultó electo primer presidente el señor Gerzán Calderón. El 14 de noviembre de 1952, por ordenanza municipal, Nanegalito es elevada a la categoría de parroquia.